COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 14.603303 14.603303 19.766568
2021-01-18 17:00:00 18.053680 18.053680 20.607914
2021-01-17 17:00:00 18.835488 18.835488 21.436559
2021-01-16 17:00:00 19.196140 19.196140 22.291242
2021-01-15 17:00:00 19.961674 19.961674 23.185436
2021-01-14 17:00:00 25.138842 25.138842 24.208959
2021-01-13 17:00:00 22.655330 22.655330 24.968954

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 6.468231 6.468231 13.824603
2021-01-18 17:00:00 1.353745 7.303754 14.541610
2021-01-17 17:00:00 17.723881 17.723881 15.623247
2021-01-16 17:00:00 11.936663 11.936663 16.187236
2021-01-15 17:00:00 16.382253 16.382253 16.973187
2021-01-14 17:00:00 21.035333 21.035333 17.941615
2021-01-13 17:00:00 25.343019 25.343019 18.966255

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 18.126888 18.126888 20.189816
2021-01-18 17:00:00 21.212121 23.564955 20.820215
2021-01-17 17:00:00 18.421053 18.421053 20.914126
2021-01-16 17:00:00 28.712871 28.712871 21.703613
2021-01-15 17:00:00 19.306931 19.306931 22.700550
2021-01-14 17:00:00 26.706231 26.706231 22.934634
2021-01-13 17:00:00 14.457831 14.457831 23.441269

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 8.925234 8.925234 13.071589
2021-01-18 17:00:00 16.699282 16.699282 13.214856
2021-01-17 17:00:00 17.790167 17.790167 13.296742
2021-01-16 17:00:00 10.966543 10.966543 13.345377
2021-01-15 17:00:00 17.739816 17.739816 13.437294
2021-01-14 17:00:00 13.283790 13.283790 13.697215
2021-01-13 17:00:00 9.474389 9.474389 13.783989

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 12.445039 12.445039 11.660717
2021-01-18 17:00:00 15.616798 15.616798 11.907480
2021-01-17 17:00:00 8.621126 8.621126 12.011794
2021-01-16 17:00:00 9.821274 9.821274 12.387137
2021-01-15 17:00:00 12.772101 12.772101 12.770229
2021-01-14 17:00:00 14.829246 14.829246 13.109935
2021-01-13 17:00:00 11.367636 11.367636 13.639197

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 26.969223 22.868517 31.225819
2021-01-18 17:00:00 44.483025 25.650723 32.271010
2021-01-17 17:00:00 31.526986 31.526986 32.940796
2021-01-16 17:00:00 36.807388 36.807388 33.729688
2021-01-15 17:00:00 39.911012 39.911012 34.962217
2021-01-14 17:00:00 32.070279 32.070279 36.348452
2021-01-13 17:00:00 25.839000 25.839000 36.606870

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 11.078575 11.078575 22.695336
2021-01-18 17:00:00 17.465753 17.465753 23.761239
2021-01-17 17:00:00 18.527430 18.527430 25.059912
2021-01-16 17:00:00 27.069073 27.069073 26.822872
2021-01-15 17:00:00 24.979614 24.979614 28.327805
2021-01-14 17:00:00 37.285780 37.285780 29.755171
2021-01-13 17:00:00 38.888889 38.888889 31.278314

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 7.267442 7.267442 15.983948
2021-01-18 17:00:00 12.214596 17.957697 16.864201
2021-01-17 17:00:00 13.104902 13.104902 18.062152
2021-01-16 17:00:00 8.486694 18.387837 19.120659
2021-01-15 17:00:00 8.604938 20.688632 20.364704
2021-01-14 17:00:00 26.047045 26.047045 21.606209
2021-01-13 17:00:00 24.784748 24.784748 22.944701

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 7.316314 15.299479 17.099894
2021-01-18 17:00:00 23.974476 23.974476 17.483127
2021-01-17 17:00:00 14.700193 14.700193 18.296959
2021-01-16 17:00:00 13.999128 13.999128 19.473205
2021-01-15 17:00:00 11.498416 11.498416 20.375451
2021-01-14 17:00:00 24.408784 24.408784 21.307289
2021-01-13 17:00:00 27.816901 27.816901 22.338752

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 20.217391 20.217391 23.544225
2021-01-18 17:00:00 22.825878 22.825878 23.824996
2021-01-17 17:00:00 22.251527 22.251527 24.583315
2021-01-16 17:00:00 24.673373 24.673373 25.129896
2021-01-15 17:00:00 24.066798 24.066798 25.620056
2021-01-14 17:00:00 26.866757 26.866757 26.435543
2021-01-13 17:00:00 23.424457 23.424457 27.204485

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 14.469972 14.469972 13.605793
2021-01-18 17:00:00 10.797799 30.261348 13.189177
2021-01-17 17:00:00 10.610080 10.610080 13.331043
2021-01-16 17:00:00 11.150491 11.150491 13.452651
2021-01-15 17:00:00 16.050013 16.050013 13.494202
2021-01-14 17:00:00 11.289603 11.289603 13.572792
2021-01-13 17:00:00 10.462075 10.462075 13.795136

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 4.972376 4.972376 10.049001
2021-01-18 17:00:00 11.036789 11.036789 10.114388
2021-01-17 17:00:00 11.494253 11.494253 10.336746
2021-01-16 17:00:00 10.598111 10.598111 10.262308
2021-01-15 17:00:00 6.500000 6.500000 10.352893
2021-01-14 17:00:00 12.692764 12.692764 10.298831
2021-01-13 17:00:00 11.411765 11.411765 10.203850

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 137.539432 137.539432 59.491314
2021-01-18 17:00:00 40.243902 40.243902 57.517823
2021-01-17 17:00:00 37.884379 37.884379 56.283592
2021-01-16 17:00:00 81.178396 81.178396 54.707093
2021-01-15 17:00:00 76.334776 76.334776 53.091975
2021-01-14 17:00:00 35.582822 35.582822 51.663088
2021-01-13 17:00:00 40.512048 40.512048 50.884268

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 22.448980 47.986577 NaN
2021-01-18 17:00:00 28.717949 28.717949 NaN
2021-01-17 17:00:00 45.608108 45.608108 59.391482
2021-01-16 17:00:00 68.131868 68.131868 57.734874
2021-01-15 17:00:00 120.666667 120.666667 56.898796
2021-01-14 17:00:00 66.341463 66.341463 55.422953
2021-01-13 17:00:00 64.575646 64.575646 53.895361

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 12.346956 12.346956 21.754438
2021-01-18 17:00:00 18.354430 18.354430 22.594958
2021-01-17 17:00:00 22.540984 22.540984 23.557154
2021-01-16 17:00:00 15.348837 35.153129 24.137368
2021-01-15 17:00:00 17.973586 17.973586 24.791714
2021-01-14 17:00:00 29.179435 29.179435 25.845602
2021-01-13 17:00:00 29.374090 29.374090 26.806341

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 16.585366 16.585366 29.905940
2021-01-18 17:00:00 19.572608 52.549781 29.618509
2021-01-17 17:00:00 66.229030 66.229030 30.323165
2021-01-16 17:00:00 28.794872 28.794872 30.657845
2021-01-15 17:00:00 23.067332 23.067332 30.581578
2021-01-14 17:00:00 36.776062 36.776062 30.489608
2021-01-13 17:00:00 25.548996 25.548996 31.050229

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 4.885701 4.885701 9.488777
2021-01-18 17:00:00 10.044313 10.044313 9.747686
2021-01-17 17:00:00 6.934432 6.934432 10.073173
2021-01-16 17:00:00 11.878631 11.878631 10.303154
2021-01-15 17:00:00 14.631401 14.631401 10.447302
2021-01-14 17:00:00 10.895404 10.895404 10.869417
2021-01-13 17:00:00 8.927203 8.927203 11.169991

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 27.336332 31.484258 30.026617
2021-01-18 17:00:00 25.437898 30.064412 29.753586
2021-01-17 17:00:00 26.384305 26.384305 29.604211
2021-01-16 17:00:00 31.465378 31.465378 29.499828
2021-01-15 17:00:00 30.794807 30.794807 29.398073
2021-01-14 17:00:00 28.981683 28.981683 29.291141
2021-01-13 17:00:00 31.130435 31.130435 29.189440

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 5.736729 9.878600 10.836252
2021-01-18 17:00:00 13.013957 13.013957 11.166332
2021-01-17 17:00:00 8.414508 8.414508 11.308908
2021-01-16 17:00:00 8.697387 8.697387 11.608149
2021-01-15 17:00:00 15.743029 15.743029 11.942429
2021-01-14 17:00:00 11.468758 11.468758 12.524675
2021-01-13 17:00:00 13.643703 13.643703 12.699183

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 18.277823 18.277823 19.525536
2021-01-18 17:00:00 43.119266 18.935978 18.707551
2021-01-17 17:00:00 15.470172 15.470172 19.153248
2021-01-16 17:00:00 21.384206 21.384206 19.380599
2021-01-15 17:00:00 23.819302 23.819302 19.341217
2021-01-14 17:00:00 18.935978 18.935978 18.814228
2021-01-13 17:00:00 24.898621 24.898621 18.973455

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 36.170213 19.680851 23.198460
2021-01-18 17:00:00 15.942029 15.942029 23.547458
2021-01-17 17:00:00 34.615385 34.615385 23.943196
2021-01-16 17:00:00 46.511628 46.511628 23.632677
2021-01-15 17:00:00 28.985507 28.985507 23.806729
2021-01-14 17:00:00 16.666667 16.666667 24.417261
2021-01-13 17:00:00 19.387755 19.387755 23.727800

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-19 17:00:00 31.162488 31.162488 46.097530
2021-01-18 17:00:00 54.714912 54.714912 47.090754
2021-01-17 17:00:00 57.715008 57.715008 47.986585
2021-01-16 17:00:00 59.944065 59.944065 50.049433
2021-01-15 17:00:00 26.688103 26.688103 52.116890
2021-01-14 17:00:00 47.955648 47.955648 54.175086
2021-01-13 17:00:00 50.280224 50.280224 56.255755

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 6.468231 6.468231 13.824603
Basilicata 18.126888 18.126888 20.189816
Calabria 8.925234 8.925234 13.071589
Campania 12.445039 12.445039 11.660717
Emilia-Romagna 26.969223 22.868517 31.225819
Friuli Venezia Giulia 11.078575 11.078575 22.695336
Lazio 7.267442 7.267442 15.983948
Liguria 7.316314 15.299479 17.099894
Lombardia 20.217391 20.217391 23.544225
Marche 14.469972 14.469972 13.605793
Molise 4.972376 4.972376 10.049001
P.A. Bolzano 137.539432 137.539432 59.491314
P.A. Trento 22.448980 47.986577 NaN
Piemonte 12.346956 12.346956 21.754438
Puglia 16.585366 16.585366 29.905940
Sardegna 4.885701 4.885701 9.488777
Sicilia 27.336332 31.484258 30.026617
Toscana 5.736729 9.878600 10.836252
Umbria 18.277823 18.277823 19.525536
Valle d'Aosta 36.170213 19.680851 23.198460
Veneto 31.162488 31.162488 46.097530

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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